【項目文章】冷害刺激下番茄中circRNA的作用分析

環狀RNA是新近發現的一類特殊的非編碼RNA分子,也是RNA領域最新的研究熱點。與傳統的線型RNA不同,環狀RNA分子呈封閉環狀結構,不受RNA外切酶影響,表達更穩定,不易降解。今天解讀的第五篇案例是研究番茄circRNA的文章,也是番茄的第一篇circRNA的文章哦~~~

中文名:冷害刺激下番茄中circRNA的作用分析
英文名:Deciphering the roles of circRNAs on chilling injury in tomato
雜志:Biochemical and Biophysical Research Communications,2016
影響因子:2.371

研究背景

circRNA(環狀RNA)能夠調控miRNA功能和基因轉錄,近期通過高通量測序技術在動植物當中發現了大量的circRNA。然而,番茄果實中的circRNA研究地還很少。番茄是一種常見的茄科蔬菜,對冷害特別敏感。為了深入理解circRNA在冷害刺激下的作用,這篇文章用高通量測序技術研究了番茄果實中的cricRNA。

實驗設計

實驗材料:綠熟期番茄果實分為兩個組:
對照組置于10℃冰箱72小時;
冷害組置于0℃冰箱72小時;
取中果皮組織液氮速凍,混樣,用于提取RNA;
共2個樣品,無生物學重復。
測序方法:去線性建庫,Illumina HiSeq 2500,PE125。數據量每個樣品約5G。

技術路線:

 

 

研究結果

一.番茄中circRNA的鑒定

1.circRNA數量統計

 

2.染色體來源分析發現,1號染色體產生的circRNA最多。


3.為進一步了解番茄circRNA的功能,文章分析了circRNA靶向基因,共發現了862個靶向基因,并對這些基因進行了GO分析。表明這些基因參與了多種生理過程,如氧化還原反應、細胞壁降解、脂質過氧化反應、茉莉酸代謝和脫落酸代謝等。

二、circRNA作為miRNA的海綿調控miRNA功能

1、對circRNA的靶向miRNA分析,發現102個circRNA共能夠靶向24個miRNA。這些靶向的miRNA調控的基因參與了氧化還原反應、細胞壁降解、熱激蛋白等生理過程,說明circRNA能夠作為miRNA的海綿調控miRNA功能。

部分miRNA列表

2、在854個circRNA中,有163個存在明顯表達差異。與對照組相比,冷害組中有138個上調的circRNA,25個下調的circRNA。

文章亮點

1.circRNA靶向基因分析表明circRNA可能通過調節靶向基因應對冷害刺激;
2.circRNA還可以作為miRNA的吸附海綿調控miRNA的功能;
3.文章還比較了冷害刺激下番茄果實circRNA的表達差異,有163個存在明顯表達差異,說明番茄果實的circRNA受冷害脅迫調節;

推薦文章
电视剧播放 谁赚钱 广西快乐十分选号 北京11选五走势图手机版软件 快乐扑克3中奖规则 体彩排列三试机号 湖北30选5一等奖 创业板股票代码 我要今天3d开机号 七星彩100期开奖结果查询 山东11选5任三技巧 股票分析师为什么不自己炒股还乐于助人